PCR儀可用于醫療、新藥研發、診斷檢驗試劑研發等領域。在醫療上具體可用于病原體檢測；產前診斷以防止各類遺傳性疾病的發生；藥物療效考核，例如對乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)定量分析顯示，病毒量與某些藥物的療效關系；腫瘤基因檢測等等。
在新藥開發研究中，實時熒光定量PCR技術可以快速、準確、定量、靈敏地測定血液或組織中病原體的含量，因此有利用分析藥物的作用效果，為比較不同的配方的療效、用藥量、用藥時間等等提供快速、定量的評價。
在新診斷及檢驗試劑的開發中，現有的很多診斷及檢驗方法都不能同時滿足快速、靈敏、定量的要求，而熒光定量PCR方法可以做到這一點，從而可為臨床疾病、商檢、糧油檢驗、食品檢驗、血液檢驗等等開發新的試劑，從而提高檢驗的靈敏度、速度及準確性等；這類試劑的種類是非常多的，所開發的試劑的社會效益及經濟效益都是很巨大的。
熒光定量PCR檢測是反映被檢標本中病毒DNA/RNA存在的多少，結果通常用數字表示（即X×10 n copies/ml），定量檢測結果主要是對抗病毒治療療效提供檢測和參考。
HBV DNA、HCV RNA的定量單位在報告單上通常用“copies/ml”表示每毫升的血清或血漿中病毒基因組的個數，該數據越大，表明病毒在人體內的復制越活躍。例如“HBV DNA=4.3×10 3 copies/ml”代表每毫升血清中有4300個乙肝病毒。判斷血清或血漿中病毒含量主要看上式中的“10 n”，n越大，表示含量越高。治療過程中，n變小說明病毒的復制得到控制，治療有效。通常如果病毒含量下降至n＜3，說明病毒基本得到控制；如果病毒含量降至“0”，則說明病毒在血清或血漿中不存在，病毒的復制已經被抑制。
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